mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGGCATGTACTTTCCTAGACA TCTAGGAGAGTTTTATGTCATG TAGTTTTCTAGGAGAGTTTTATGTCATGGTTAAGAAAATTACCGGTCAAAGGTCCATGGCATGTACTTTCCTAGACAATG ATCAATTTCACATGGCAACATACAACGAGTTAGGGTTTCAGATAAGACGACGACATACGGCCACCACTTTGAAAATTACTACCAGAAATCAAGTTTTGTAGAAGCCATTGAAGAACATTGAACGAATAAACGTGATTTCAGAATATGAATTAGACCGAGATCTGTATCGAAGGTTATTAACAGACGAAAAATCTGAATCTGGAGTATGTTTTGGAATCAGGTAATTGATTTATGAGTTTTAAAATCTTTGCTATTTCGTTTGTTTGTTTCGAAATTGCTTGGACTTAAGTTTACAAGATATAAAGATAATATTATTAATAACTTTTTTATGTTAACATATATTTTACAATAATGGGGTTTTAAAGTTGTTAGAAGTGATGATGTTCTTATCGATTATATGATTATTGTTAAATTGCAAAGCAGGTGCATTTTGGGGTGTGGTTGAGAATGTGCAAAAGTTGGTCCATGAAATTTAGTTCAAGTAATTAATTTGGTTGAATAGTAACAATAATTTTATTGGCGTTTTTTATCTGGAAATGAAGGAATTAACGAGATCTATGATTTTAAGAATTAGGTGATTATTAAATCTTTAGAAATGTGCCTGAATGGTTTGGAGAAAAACTTGCACTTTCATAGGTTTTGAAAAATGAAATTTCACAAAAAGAGTTTCTCGATCTTTGTCTAAAACATCTTTAAGTTTTAGATGTCGCATACAACTTCTTAGCAGGAACCATCCCTAGTTTTCTAGGAGAGTTTTATGTCATGGTTAAGAAAATTACCGGTCAAAGGTCCATGGCATGTACTTTCCTAGACAATGAG 2 1 3' arm Cichorium_endivia mirnest 100 100 -29.8 ..(((.(((((((((((..((((((((((...........(((.......))))))))))))).))))))))))).))). (-29.8)