mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCGATAAACCTCTGCATCCAG GGATGCAGCGGTTCATCGATC CAAAGGGTCACTGGATGCAGCGGTTCATCGATCTGTTCCCTAAGCCTGATGAATGAATTAAAAAATAATAAGGAAAAAAATCGAAGGCAACAGATACAAAGAGAAGTGAGAGGCAAAAGGAATCGGTCGATAAACCTCTGCATCCAGCGTTCACCC GGGGATCATAAAGTCGTAACTATCATCGATATAAGGATCTGAGTTTGCTAAGCGTCTATAGCGTTAACATTTAGTTTTTTTATGTGTACGCTTTGTTCATCTTGGTAAGGTTATATGTTGATTGTTAATCTTCAGTCGGTTTTGAATGTTTCCTCATCGTTTAATCCTTTACGTGTTTGGCAAAGGGTCACTGGATGCAGCGGTTCATCGATCTGTTCCCTAAGCCTGATGAATGAATTAAAAAATAATAAGGAAAAAAATCGAAGGCAACAGATACAAAGAGAAGTGAGAGGCAAAAGGAATCGGTCGATAAACCTCTGCATCCAGCGTTCACCCCCAATCCAGTTCCGTTTCTGTTTGGTGTGTGTTACTGTGTTAGAGTTTGTGCATTTTCGTTTCATAGTTATTGTGTGTGGAGTATTTGCAGTGAGATTTGCTGTTCCAGAAATATTCTCTCTCCACACTAATGATTTCTATAGAAGTTATGTTGTTATCGATGCAGGTAGTGCTGCTGTTTCAACTATCTGTGTTGCTTAAATTAAACAACAACACTGTGTTCTTGAAAACAAATATAGATACATCGTTTTATTTATGGAATCTTTTAACTTTTCGCCTGTTTAGTTATATTAATTGCGATCGATT 2 0 3' arm Cichorium_endivia mirnest MIR162_2 2.0E-9 vvi-MIR162 5.0E-13 -41.5 ....((((..((((((((((.((((.(((((((.(((((....((((...............................................................))))....))))).))))))).)))).)))))))))).....)))) (-41.5)