mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCTTTCCAATTCCGCCCATGC ATGGTCGGTTTGGAAAGAAT TAAGGAGAGGAGGGAAAGGATGATCTGCAAGTAATGTGTGGAATGGTCGGTTTGGAAAGAATGAATTCGTTTCCTGATGAAGGGAATAATAGTTTTCTTTCCAATTCCGCCCATGCCGCTTATTACTTGTGGTTTCTTCCCTTTCCCTTGACCTT TTCTACTTCCAACCCTAGGTGAAATTTCCTTTTTCACTGCCGGCGTCTTTTATGTTCTAATTCATGTTTTCGTTTGTGATTTATTGTTTACTTTAGCGTTATTCAAAATTTATCTGTAGTTCAGTGGATTTCGTCTTTCTGTGGTTTTCTCTTTTATTCGGTTAAATCTCATTAATAATCTTAACTTTGCTGCGTATTTAGTAGATCGAAACCTTAGACAACCTCTGATAACTTTCTTCAATCAAGCATGTTTATGAAATTGATCTGTCGATTCCGCTTCTTTATGTTGGTATTCATGTTACCGTTCATAGATCTGGTGTAGTTGACTTTATCTTGTGAGTACTAGCTATAAATTTAACGAATTGTAAACAATTGAACAGGATTTGGCAATAAGTTTTTGATTAATTTTGCTCCTGTCTGTGTTCGTGTTCATAATTTGTTTTCATAGCTTCCATTCTGATTAACATAACAGCGACGATTCTCTGTGTGTTTTCTTCCTATTTCGATAACTTTGCCATTTTGATTTAGTCAATAGCCGGTAATGGGCTTAGTTTTGTCTTTCGACTGAAGAACCGGAGAGAGTTTATATGAATAAGGAGAGGAGGGAAAGGATGATCTGCAAGTAATGTGTGGAATGGTCGGTTTGGAAAGAATGAATTCGTTTCCTGATGAAGGGAATAATAGTTTTCTTTCCAATTCCGCCCATGCCGCTTATTACTTGTGGTTTCTTCCCTTTCCCTTGACCTTCTATTGAATTTATCTGATGACAAGACACAATGCCACTTGAGTTGGATCAATCTTAGCATTCTTGAAGACAGA 3 1 3' arm Cichorium_endivia mirnest 100 100 -64.2 .((((....((((((((((..((.((((((((((((.((((.((((.(((.((((((((((.......(((((((.....))))))).......))))))))))..))).)))).)))).))))))))))))..))...))))))))))..)))) (-64.2)