mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AGAGAATGAGGTTGATCCACC TGGATCCGCCTGGCTTTAC AGGAAGAGAATGAGGTTGATCCACCGGAATAAGGACACGGGCATAGTGTAGGGCCGGTTTTGCAAAGGAAGAAAGTTTGGCCGACTATTCTTTATTATAAAAGGAGTGAAGAGAATGAGAAAACAGCTAGATGATGTTCCGGAGTTGATTCAACGTATACAATTAGAATTGCCGTCAAAAGATGCGGCACGCACCTGCATCTTGTCCAAGTCATGGCTACAAGCTTGGTCTACCAGCCCTGCCATCAGGTTTTGTCCCACGTCTTTTGAAAAGCAACATGAAAGAAAGTACATGAGGTGGATCCGCCTGGCTTTACT AGGAAGAGAATGAGGTTGATCCACCGGAATAAGGACACGGGCATAGTGTAGGGCCGGTTTTGCAAAGGAAGAAAGTTTGGCCGACTATTCTTTATTATAAAAGGAGTGAAGAGAATGAGAAAACAGCTAGATGATGTTCCGGAGTTGATTCAACGTATACAATTAGAATTGCCGTCAAAAGATGCGGCACGCACCTGCATCTTGTCCAAGTCATGGCTACAAGCTTGGTCTACCAGCCCTGCCATCAGGTTTTGTCCCACGTCTTTTGAAAAGCAACATGAAAGAAAGTACATGAGGTGGATCCGCCTGGCTTTACTAAGGTATCACCGACACAGCTTACCTATCACAAGTCTTGATCTTCATTTGGGCATTCACACCTCTGATCGTGCTGCTCGAAAATTGATTTCGCAAGCAACAACTTCTTCTATAGCTTCTCTCAAAGAGCTTCGCCTCACAATCTTGGGTGAATCATTTGATTTGCCTGATGACATGTTTTCAAATGAAAATCTCCACACTTTATGTTTCAAACTTATAAGCCCCTATACCAAGTTTAATCCGCATTCACTTCAGATTAGTAGCAACCCTTCCATCCGATGCACCAACCTACGAGTACTAGATTTGTCTCGTGTCGACATATCACAATATGTGCTTAATCAATTAATATCTAAGAATAAGTTGCTTGAAAAGATCATCCTCGACGTAAGGCCAGGTTTTGATGAAATCAAGGTAAATAACCTCCGTTATCTTCGTGAGGTTATAGTATGTCTAAGTTGTGGTGGTTGGGTTAAG 3 2 5' arm Artemisia_annua mirnest 100 100 -74 .((.((((....((((.((((((((...((..(((((.((((.....(((((((.(((........(((...((((((((((((((.(((((((((........))))))))).((((((...(((((...((......)).)))))((((..............))))((((((........)))))).((....)).))))))...))))..))))..))))))..)))))).)))))))......))))))))).((.((((((............))))))..))..))..)))))))).))))..)))).)) (-74)