mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TATGGGACGGAGGGAGTAAAA GTACTCCCTCCGTCCCATACA TAGTAATAAATAGTACTCCCTCCGTCCCATACAAAAATATTTATGGTCAAAGTTGAAAAAGAAAGACTTTAAAAAGTCAAACAGGACATTTAATATGGGACGGAGGGAGTAAAAGTGTAAAAC TTAGATATATTTCTAAGGGTCAAAGGGGTTAAGTTAATGATTTAACTACAAAACAAGGCACTCTTTGTAATCATATTAAACAAGATACTATTTGTAATCTCAATAAACATGCTAATAGAATTATAAAATATATGTAAAATGTGGATAGCCTACTCGTTTTTAACAGCAAAAGAAAGCACCAGTTTGACCCATTACAGAACCCACCCAAACCACCTAATTTGTCACCTCCAAGCAGAACAAAGCACTGGAAATAAACATACCCTGTATTTGCCCATTCTCCAACCCAGCCGAATCCATGATGAGCTCTGCATTGATCCAAATTGTGTATAACAAAGAGCAATATTGTCAGTAGTAATAAATAGTACTCCCTCCGTCCCATACAAAAATATTTATGGTCAAAGTTGAAAAAGAAAGACTTTAAAAAGTCAAACAGGACATTTAATATGGGACGGAGGGAGTAAAAGTGTAAAACATATGCACAAAACTAGAAGTCAACTAATTTGTTATTTTCGAACAGTTTCATAAGTTAAGGAAATGTTTGGACGAGTATGTAAACTGATTATTATCGTCACTCCAAGCCGTAGTATTCAAAATACAGTGTCTGGAAAACCTGATTGTTAGAATGTAAGTAGTTACTGCAAGAAGTGTGAGCATCGCANAAAACTTAAAATTATCTTACTAGTGAAAAAATCACTGATTTTGATCACTTTTGAGATGGACATCCAAATTTCCCATTTCATTTGTGAAACTCTGGACACATACTATTGCTGCTATTGGAACAAATGACACAATCAGATCATGTGCTCTGGAAAAAAAAAGTCAAG 3 0 3' arm Artemisia_annua mirnest MIR1122 0.000007 bdi-MIR5164 0.00002 -39.3 ((....)).....((((((((((((((((((..(((...((((.((((....((....))....)))).))))..(((......))).)))..))))))))))))))))))............ (-39.3)