mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTTGGATTGAAGGGAGCTCTA GAGCTCCTTAAAGTTCAAACG AAATACAGAAGTAGAGCTCCTTAAAGTTCAAACGAGAGTTTAGCAGGGTAAAGAAAAGCTGCTAAGCTATGGATCCCATAAGCCCTAACCTTAAACATAGAAAAAGGATTTTGGTTATATGGCTTGCATATCTCAGGAGCTTTAACTTGCCCTTTAATGGCTTTTACTCTTCTTTGGATTGAAGGGAGCTCTACATCTTTCAA GGACGTGTCTTCTCTTTCTCTCCTTCTCTTTAAAGCTGCTTCGAGTTAATTAGGGTTCTTCATCTCTTTCTTCCTATAGCCTCTTAAAAGTTCTTTAATCTAAGTTTTTTTTTGACATGTTCTTTAATCTAAGTTTATTTCATTTTTATTTGGTTCTATTGTTTAAACATATATCGTTTTCTTTTTTTTGCTAAAATCATTATATATATACACATATATCTCGTTTTTAAAGAGCTATATGGTTTTATGATCGTAATCTTTAGTTTTCTACTCTCTTCCACTTTAGTTTGTGGCTTAAACTTATAGGATTATGTTTATATCTGATAGAAATTTTCTTTAGCTTAGATCATATGAGTTAAGATATCTTGAGCCTACATAGTTTTTTTAGATCTGATACATATCATATGAGTTCAGATATCTTGAGCTTACATAGTTTCTCAGATCTGATGCATATCATAAATGGATCTTGATTTGACAAGCATCTTTGTGTTCTGTCAGATTTTGGCCTTCCAATATGATTTTCATGAGAACAACAAAAATACAGAAGTAGAGCTCCTTAAAGTTCAAACGAGAGTTTAGCAGGGTAAAGAAAAGCTGCTAAGCTATGGATCCCATAAGCCCTAACCTTAAACATAGAAAAAGGATTTTGGTTATATGGCTTGCATATCTCAGGAGCTTTAACTTGCCCTTTAATGGCTTTTACTCTTCTTTGGATTGAAGGGAGCTCTACATCTTTCAATTTATCTAGATTTATTTATCTACAGTAATGAATGAATTTAGTGTTGATTTTTAATTTTCTGTATTGACAAGCATCCCTCCAAAGGACGGTGCTAGTTAATTTTGCAGATGCTGTTCTTTTATGGTGATTGTTTTGATTCTTGAGCGATGTGTAAGTAATTGGGGTAAATGAAATGCTTCAGTATATGCGACGATCCATATTTATTTGTAACTTTCTAAATGTTTTGGTTCTTTAATATCAAAAGCAATGCTTTTATTTTTTATTTTTATTTTTTATGATTATATCTTTCCTGGTCAATTTATTGGTTTATATATTTTGATGGATTTAGATTTCATATAGTATTTATAAATTTAAGTAAAATATACAAATTTTCA 2 0 3' arm Brassica_napus mirnest MIR159 2e-72 aly-MIR159a 7e-81 -63.7 ......(((.((((((((((((..((((((((.((((((..((((((((((...((((((.((.((.((((....(((((((((..((((((...........)))).))..)))).)))))....)))).)).)).))))))...)))))))......)))...)))))).))))))))..)))))))))))).)))..... (-63.7)