mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ATCATGCTATCTCTTTGGATT TCCAAAGGGATCGCATTGATCC CGACGGCAAGTAAAGGAGGCATCCAAAGGGATCGCATTGATCCCAAATCTCATATATCAATAGGTTTGTGTATGTGTATATATAACGAGTTGGGATCATGCTATCTCTTTGGATTTCTCCTTCGGTTGCTTCC AAGTCTTTCTTGTTCTTCCTCTTCACATCTCTCTCTAGTTCTCTATCTCTTTCTCACACACAAACACGCTCACTCGATCAGAGAACGCTTCTATGTAGATCTCGACGGCAAGTAAAGGAGGCATCCAAAGGGATCGCATTGATCCCAAATCTCATATATCAATAGGTTTGTGTATGTGTATATATAACGAGTTGGGATCATGCTATCTCTTTGGATTTCTCCTTCGGTTGCTTCCAACTTTATAACCATCATAATATATATCCACCCAAGAAAAACCGTAGATTGAAGAGAATAGACGTACGTACGCTTTCTTCATTTTCTTAGAAAGATTGGATCTACAATCGTTAGCTCGAATGTGTGGCGTTTTCTCCAAGTACATGTAAGTATGGTTTCATGTATCTGCCGGATGTTTTAGGTAGCTTGTATTTGCCCTTTCAACTTTATGTATGGTCGAATTTATTCTTATAATCATCTTTTCTTTTTGGCTTATATTGAATGTCAAGAACAAATACGCATACATTGAGTTTTGTTCATGTTCCCTAAGATTTTCGATATCATATATGAGAATCTGGTTGGGCTTTCTTAC 2 1 3' arm Artemisia_annua mirnest 100 gma-MIR393 0.0000000000001 -50 ....(((((...(((((((.((((((((((((.((((.((((((((.((..((((((..(((..........)))..))))))...)).)))))))))))).)))))))))))).)))))))...)))))... (-50)