mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTTGGGACGGAGGGAGTACTT ATACTCTTTCCGTCCCAAATT AGCAACAAATTCCATACTCTTTCCGTCCCAAATTTATTGTCCAGGGTTGACTTTTTTAGTCTTTCTTCTTCAACTTTGACCTTATATATTTTTGGGGGGGTTATATAATATTTGATGTCAAATATATAAATGTATTGGGTTTTAAGTCTACTTTTCAAGGGTATAATTTCCCATCAAGTATTATATAATAAAAAAAAATATTTGGGGTCAAAGTTAAACCACTTTGACTTTGAAAATTCAAATTGGACAATAATTTTGGGACGGAGGGAGTACTTTTTATACCAA CAAAGAACTTATGTTGTATTGCAGAAAGGGATAACACATACATATAGAGAGAAAGTTACAATCAGTTTACAAAATACAGAAATACAAGCAACAAATTCCATACTCTTTCCGTCCCAAATTTATTGTCCAGGGTTGACTTTTTTAGTCTTTCTTCTTCAACTTTGACCTTATATATTTTTGGGGGGGTTATATAATATTTGATGTCAAATATATAAATGTATTGGGTTTTAAGTCTACTTTTCAAGGGTATAATTTCCCATCAAGTATTATATAATAAAAAAAAATATTTGGGGTCAAAGTTAAACCACTTTGACTTTGAAAATTCAAATTGGACAATAATTTTGGGACGGAGGGAGTACTTTTTATACCAAACTTCATGGGTAAAAATGACAAGGCAGTCGCGGCTTACCGACGGCCACCAAAGGCTTAGCCAAACTAAGGTCATCATTACTTTCAGCAAGCTCAATCGACGACTGATTACCAGGAATTCCCCAACAAAACCCTTGAATTATCCCCGCTAACAACATTGTAGTCATGGTTGAGCCCAATGACACTCCAGGGCAGCCACGTTTCCCTGTACTAAATGAAATCATCTTCAACTCATCATCTGAAAGAACAACTTGCTTTCCTTCCTTAACTAGATGCCGATCTGGGTTAAACCGCAGGGGATCCTTCCAAGTATTTGGATTCCTTCCCAGCCCACGTCGACTAAAATGCACGTGACTACCCTTGGG 3 0 3' arm Artemisia_annua mirnest MIR1122 0.00000007 tae-MIR1122 0.00001 -95.5 ..............((((((((((((((((((.(((((((((((..((((.(((((.((((.......((.(((((((((((((.((((((((......((((((((((((((((((...((((((....))))))(((..(((....(((((.....))))))))..)))))))))))))))))))))....)))))))).))))))))))))).)).......))))..))))).)))).))))))))))).))))))))))))))))))............. (-95.5)