mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ATACTCCCTCCGTCCCAATTT ATTAGGACGGAGGGAGTACTA CGACAAAAATAAAATACTCCCTCCGTCCCAATTTATTTGTCCACTTTTGACTTTTGAAATATTTCTTTTGCAACTTTGACCTCAATTATTTCTTTTTGTGTTGCATAATACTTTATGCAAAGTACATGAATTGATTGAATTTTAAATGTATTTTCATTGGGTATAACTTCCATCAAGTATTATATAACACACACAACACAATTTAAGGTCAAAGTTGAAAAAAAAAAGACTTCAAAAGTCAAAAGTGGACAAATAAATTAGGACGGAGGGAGTACTATTTTACTCTC ATATTGTTGAAAATGTTTGTGATATGTTTGATAAATCGATTGGTTCGTTTTGGTTTGCTTTTATAATGGGTTTTCATAGTGGATAAGATTTGTTTTTTTTCTCTCTCTTTCGTAAAATAAACCGTGATTTCTTTTTGGTGTTTATAATAAAGTTAATTACTATATACGGAGTAGTTTGAGTTTAGGACCTTTAAGAAATGATAGATTAATATACGACAAAAATAAAATACTCCCTCCGTCCCAATTTATTTGTCCACTTTTGACTTTTGAAATATTTCTTTTGCAACTTTGACCTCAATTATTTCTTTTTGTGTTGCATAATACTTTATGCAAAGTACATGAATTGATTGAATTTTAAATGTATTTTCATTGGGTATAACTTCCATCAAGTATTATATAACACACACAACACAATTTAAGGTCAAAGTTGAAAAAAAAAAGACTTCAAAAGTCAAAAGTGGACAAATAAATTAGGACGGAGGGAGTACTATTTTACTCTCGGTAGAACTATTCACTAAGAAAAGGCACTACCACACTTGTGTTGGAATTTAAAATCACGTCCATTTTAAGTAGTTGAAAATCAGTTATTTTTTTTTTTTTGAAAGGCAAATTATATAANACGCGCAATAGCGCCACCAAAAACAAACCAAGGCATCCACCAAAACCAAATAGATGCACTAGAAAGATAATGTGTAAATAAACTTGTTCTGTGATACT 2 0 5' arm Artemisia_annua mirnest 100 tae-MIR1122 0.001 -109.4 .....((((((...((((((((((((((.(((((((((((((((((((((((((((((...(((.((((.((((((((((((.((...........(((((((.(((((((((.(((.((((((((((((((.....)))))...))))))))))))((((.......))))..))))))))).)))))))...........)).))))))))))))..)))).)))...))))))))))))))))))))))))))))).)))))))))))))).))))))...... (-109.4)