mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ATACTCCCTCCGTCCCAATTT ATTGAGACGGAGGGAGCAACT GAGAAAAATAAATACTCCCTCCGTCCCAATTTATTTGTCTACTTTTGACTTTTGAAATATTTCTTTTACAATTTTGACCTCAAATATTCTTTTTGTGTTGTATAATATTTGATGCAAAATATATGAATTGATTGAGTTTTAAATGTATTTTCATTGGGTATAACTTCCATCAAATATTATATTACAAACAACACAATTTAAGGCCAAAGTTGAGAAAGAAAGACTTCAAAAGTCAAAAGTGGACAAATAAATTGAGACGGAGGGAGCAACTTATAAGGA AAATCACCTAAATTCAAAAGTTAAAAGAAGAGCTGAAACAAAATAAGAATAAACATAATTCAAAAAAGTGAAAACAAACAAATCACTATAGTAAAAAAAGTATGGATGAGAGCTTGAAAAAAAAAAAAAAAAAAACTGTTTAATCTAAACTCTCAAGTTAATACCAAAAAAATTAAATTAAATCATATCTAGAGAAAAATAAATACTCCCTCCGTCCCAATTTATTTGTCTACTTTTGACTTTTGAAATATTTCTTTTACAATTTTGACCTCAAATATTCTTTTTGTGTTGTATAATATTTGATGCAAAATATATGAATTGATTGAGTTTTAAATGTATTTTCATTGGGTATAACTTCCATCAAATATTATATTACAAACAACACAATTTAAGGCCAAAGTTGAGAAAGAAAGACTTCAAAAGTCAAAAGTGGACAAATAAATTGAGACGGAGGGAGCAACTTATAAGGAAAAAATCACTTCAAAGCTCCTCTAAAAAAATCATCAAATGAAAATCAAATTTAAC 4 0 5' arm Artemisia_annua mirnest 100 tae-MIR1122 0.0002 -97.7 ..............(((((((((((.((((((((((((((((((((((((((((((...((((((((.((((((((.(((.((((........(((((((((((((((((((((.((....((((..(((((.(((...((....)).))).))))).))))..)).))))))))))))).......)))))))))))).))).)))))))).))))))))...)))))))))))))))))))))))))))))).)))))))))))............. (-97.7)