mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TACTCCCTCCGTCCCTAAATA TTTAGGGACGGAGGGAGTAAC TAATACTAAAATACTCCCTCCGTCCCTAAATAAGTGTCCACATTTGACTTTTGAAGTCTTACTTATTCAACTTTGACCTTAAATATTATTGTTTATTTTATATAATACTTGATGCAAAATATATGAATGAATTGAGTTTTATGTGTATTTTAATTTGGTATAATTTTTATCAAGTGTTATATAACATAACTAAAAATATTTAAGGTCAAAGATTCAAAAAAAGACTTCAAAAGTCAAACGTGGACATTTATTTAGGGACGGAGGGAGTAACTCATTTTA ATAATTGCTGTCTCCTAATAACATCCAAATTATTTTTAAGAAAAGCCTTGTTGGGATGATCAAGTCACAGAATATGATGAAAATATAATAAAAGGCCAAAGTATAATAGTGGAGTACATTTTAGTATCTAAAATTAAACCTTTAATGCAAATCAAATTTGAATTAATCAAGCGGTACCTTTTGTAAGAACATCCAGTTCCCCCGTGTTCTGATGCTCGTGAACCTATAATAGAAATAAATTAAAGACGAGATGATCCAATAAACTCTGAATTAACTTAAAACTAGTGAAAAAGCTATTAGTATCCCACACCTCAAGACTTTTTTTTATCTGTGTGTAGCTCTTATGATGACAAAGTTTTCAACAAGATAATACTAAAATACTCCCTCCGTCCCTAAATAAGTGTCCACATTTGACTTTTGAAGTCTTACTTATTCAACTTTGACCTTAAATATTATTGTTTATTTTATATAATACTTGATGCAAAATATATGAATGAATTGAGTTTTATGTGTATTTTAATTTGGTATAATTTTTATCAAGTGTTATATAACATAACTAAAAATATTTAAGGTCAAAGATTCAAAAAAAGACTTCAAAAGTCAAACGTGGACATTTATTTAGGGACGGAGGGAGTAACTCATTTTACACGAAGACAAGTTTTCAACACGGTTATTAATTTCCTTGTCACTGTGTTA 0 0 5' arm Artemisia_annua mirnest MIR1122 0.000004 100 -123.2 ...........((((((((((((((((((((((((((((((.((((((((((((((((((..((.((.(((((((((((((((((((.(((.((((.(((((((((((((((((.(((.(((((...(((((((((...((....)).)))))))))))))).))).))))))))))))))))).)))).))).))))))))))))))))).)).)).)))))))))))))))))))).)))))))))))))))))))))))))))))).......... (-123.2)