mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ACAGGTGAGGTTCTTGGGAGCC TCCCTGAGACCCTTTAACCTGTGA GCCAGTCTCTAGGTCCCTGAGACCCTTTAACCTGTGAGGACATCCAGGGTCACAGGTGAGGTTCTTGGGAGCCTGGTGTCTGGCC 5 2 3' arm Pan_troglodytes mirbase lin-4 4e-25 hsa-mir-125a 1e-40 -48.4 (((((.(.(((((..((..(((.((((..((((((((((....))....)))))))))))).)))..))..))))).).))))). (-48.40)