mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AATTATGGAACGGAAAGAGTA CTCCCTCCGATTCTAAATTGT ATGTATACAGTACTCCCTCCGATTCTAAATTGTTATCAAAATATTACAGGTATTTAGAGACTTTTTAAGAATAGATACATCCATATTTGAGCAAATTTGAGACAAGAATTTAGGATCGGAGGAAGTACATGTTAACTACTCCATCTCCGTTCCATAATTCTTGTCTCAAATTTGTCTAAAAGTGGATGTACGTATCTTTTCCTAAAGAATGTCTAGATACATGTAATATTTCGACAAGAATTATGGAACGGAAAGAGTAATAAGAAGT CCACGCGTCCGCCCACGCGTCCGCGGACGCGTGGGGGATATAGGTTGAAATGTAAATCTCCAAATAAATTTGGAATTTGCAGTCTTTTGAGATACATACAGTGTGTGCATATAAGCACATAATGCTTCAGTTTGGTTAACAAGCTAGCATAACGATCAGTTAATTAATATTAATAATTTGAATCCCTCAATGTGCTTTCCTGCTACCTTTAATTTTTGTCCAACTTTTGCCAGTCAGTTCATGCGTGTTTTCTCTAATTGCATACAAATTTTCGGGCCATCTTTCAAATTAATTAGAAACAGTCTTCCCCATTCAACAATACAAATATATGAGGAGACTTTGCTGATATATAGGTGATATATTTTCCTTTGGCGGTTTTGCATCTATATGCAGGAGTACTAGTAGCTGCTAGCTAGCTGGCCATCATATGGTCAGATCAATATTTCACAGTACAAATTTAATTATGAGTGGATCGTATAAATGCACGCCTGCACGGTGCAACTAATATACATTGAAATCTGCATGCATGATGTATACAGTACTCCCTCCGATTCTAAATTGTTATCAAAATATTACAGGTATTTAGAGACTTTTTAAGAATAGATACATCCATATTTGAGCAAATTTGAGACAAGAATTTAGGATCGGAGGAAGTACATGTTAACTACTCCATCTCCGTTCCATAATTCTTGTCTCAAATTTGTCTAAAAGTGGATGTACGTATCTTTTCCTAAAGAATGTCTAGATACATGTAATATTTCGACAAGAATTATGGAACGGAAAGAGTAATAAGAAGTATTGCACGGTAAAGTGGTAACTTTTGTGCATGTCTAGAATATACATATACATGCATGTATCCATTCCATGCGTGATGCGTGTA 2 2 3' arm Brachypodium_distachyon mirnest MIR1122 2e-32 bdi-MIR5183 0.000000000004 -94 ..........(((((..((((.(((((((((.((.((.((((((((((.(((((((((...((((((.(((.((((((((((((.((((.((((((((((((((((((((..(((.((((((.((((.........))))...)))))).)))..)))))))))))))))))))).)))).)))))))))....))).))).))))))...))))))))).)))))))))).)).)).)))).)))))))))..)))))......... (-94)