mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGTCAGTTTGTCAAATACCCC TGTATTTGACAAGCTGAGTTGGACACT CCTGGCCTCCTGCAGTGCCACGCTCCGTGTATTTGACAAGCTGAGTTGGACACTCCATGTGGTAGAGTGTCAGTTTGTCAAATACCCCAAGTGCGGCACATGCTTACCAG 2 6 3' arm Pan_troglodytes mirbase mir-223 4e-50 ggo-mir-223 6e-58 -47.9 .((((......((((((((.((((..(.((((((((((((((......(((((((.........))))))))))))))))))))).)..)))).))))).)))...)))) (-47.90)