mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GCCCCTGGGCCTATCCTAGAA CTAGGTATGGTCCCAGGGATCC AGTTTGGTTTTGTTTGGGTTTGTTCTAGGTATGGTCCCAGGGATCCCAGATCAAACCAGGCCCCTGGGCCTATCCTAGAACCAACCTAAGCTC 3 1 3' arm Pan_troglodytes mirbase mir-331 2e-39 hsa-mir-331 7e-48 -43.52 ...........(((((((((.((((((((.((((.(((((((..(.............)..))))))).)))))))))))).))))))))).. (-43.52)