mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCTCACACAGAAATCGCACCCGT GGGTGCTATCTGTGATTGAGGGACA AAACTGGGCTCAAGGTGAGGGGTGCTATCTGTGATTGAGGGACATGGCTAATGGAATTGTCTCACACAGAAATCGCACCCGTCACCTTGGCCTACTTA 4 6 3' arm Pan_troglodytes mirbase mir-342 8e-42 mml-mir-342 2e-48 -48.6 ....(((((.((((((((.((((((..((((((.....((((((...(.....)...)))))).))))))....)))))).))))))))))))).... (-48.60)