mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AGTACTCCCTCCGATCCTAAA TATGATCAGAGGGAGTAGATC GAGAGTAGAATAGTACTCCCTCCGATCCTAAATTGTTGTCAAAATATTACGCGTATCTAAACACTTTTTAATAATAGATACATTCATATTTGGACAAATTTGAGTCAAGAATTTATGATCAGAGGGAGTAGATCACTAGGTC CGATCAAAACTACTTGCTGACTTTGTATCTTGATTCAAAATGTAACAGGAGAGTAGAATAGTACTCCCTCCGATCCTAAATTGTTGTCAAAATATTACGCGTATCTAAACACTTTTTAATAATAGATACATTCATATTTGGACAAATTTGAGTCAAGAATTTATGATCAGAGGGAGTAGATCACTAGGTCTTTGACTTGAGGACCTGAAGCAAACATCACTAAGTCGCTAGCCTGCTGTTATTTCTTTTGCAGATCGCAATAGGAACAGACGATGTTTACAAGACCGCGGATGTGGTAAAGCTGTCCGGAGGACAGGTGGTGCGGGAGCCAGGTCCCTTGCCGGGAATCGGCACCAAGATCACGGCCATCCTGGACCCTGATGGGTGGAAATCGGTATCACCTCATGCTCCCATCCTGCTGATCTTCAGACCATTTGATTGCTAACTGGTGGAGACATGACCCTTCGTCCATTTGTCATGCAGGTCTTTGTGGACAACATTGACTTTGCCAAAGAACTGGAGTAACCAGTACATTACAGTTTGATCAGTAGCTCTATGTTAATTGACTCTTCATTCTTACTATTGCTGTAAACATGAGCTTTTCAAAGAATTTTGGAACCACGAATAACAAGCTC 4 0 5' arm Brachypodium_distachyon mirnest MIR1122 1e-35 bdi-MIR5183 3e-17 -33.2 .............(((((((((.((((.((((((.(((((.((((((.....(((((((...............)))))))....)))))).))))).((((...)))))))))).)))).)))))))))((((....)))) (-33.2)