mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGCCAAAGGAGAGTTGCCCTT GGGAAACTCAACGTTGGCAAG AGAAAATTATTAGATGAAAGAAACCAGTGAAAGGGAAACTCAACGTTGGCAAGGAAACTATAATCAGTGAGACAATATTATTGCTCACAAGATTGAGGTTGAGTCTTTGCCAAAGGAGAGTTGCCCTTTTACTGTTTTTTTCTTTTGATTGTGTTCA AGCAGTGGCATCAACGCAGAGTACGCGGGTGCAGTGCTATGAACTGAGTCAGTGGTTTGCCGTTTTGCATCCCATACCTCACTGGGCGATTCCCCTGTCGCTCACCCCTCCTTCTTTCCCCTCTCAGATGAGACCGATGAGCAGGAGTGATTATATCGGACCGATGCTTTTGGGCTTTTGGGATTTTACTACTATCGGGCTTTGGACTTCTATCACTTTTATCGTTTTATCGCTCTTGGGCCTTTGGGCTTCTATCTATCGTTTATGTTATTTCCTATTTTGGACTTTCGGTTTATGTCGTACTTTATGTTTCGGATGTTATCGTTATTGGCCCTGTAGGCCTTGTGGTATCGTATTGACTTTTGTATTATGATATGGAGATTATTATTATTATTTCGGTTGTAATATTTTATTATTATTTTATTTTCGCGTTTATATTATTTCGAGAATGTCCGGTGTGACAAAAATCTCAGGAGAAAATTATTAGATGAAAGAAACCAGTGAAAGGGAAACTCAACGTTGGCAAGGAAACTATAATCAGTGAGACAATATTATTGCTCACAAGATTGAGGTTGAGTCTTTGCCAAAGGAGAGTTGCCCTTTTACTGTTTTTTTCTTTTGATTGTGTTCATTGTAAATTTGCAAATCAGATTCCCTTATCATTTCTTCACTGGTACTAATTGCTTCTACTTCATTTCTGCTTCTTTTACT 5 0 3' arm Brassica_napus mirnest 100 vvi-MIR399b 0.0001 -60.9 .(((.((.((((((.(((((((((.((((((((((.(((((....((((((((((((((.(((((.(((((.((((...)))))))))..))))).))))...))))))))))....))))).))))))))))))))))))).)))))).)).))). (-60.9)