mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ATACTCCCTCTGTCCCTAATT TTAGGGACGGAGGGAGTATCA GCAGCTAATAAATACTCCCTCTGTCCCTAATTAATTGGTGTCGGCCTTTTTGCAAAACAACCCTTGTAAATTTTCGAAATAAACCTGCAGTCCATATCTTCAATTAAATGTGGACAGCGAGTTAATTTCGAAAATTTACAGGTTTTTTTTGCAAAAGTTCCAATAGAACGTGGACTGCAGGTTTATTTCGGGAATTTACAGGTTTTTTTTTGCAAAAAAGCCGACGCCAATTAATTAGGGACGGAGGGAGTATCAGGTGGTGG CCACGCGTCCGGCAGAGTGAATATGATGCAAAGCGAAGTCTCATATGTTTCTGTCAGGTGCAAAGCAAGATAGCCATCCCCTCTCCCACTAGGGAGAGAATTAAGCATTGCAGCTAATAAATACTCCCTCTGTCCCTAATTAATTGGTGTCGGCCTTTTTGCAAAACAACCCTTGTAAATTTTCGAAATAAACCTGCAGTCCATATCTTCAATTAAATGTGGACAGCGAGTTAATTTCGAAAATTTACAGGTTTTTTTTGCAAAAGTTCCAATAGAACGTGGACTGCAGGTTTATTTCGGGAATTTACAGGTTTTTTTTTGCAAAAAAGCCGACGCCAATTAATTAGGGACGGAGGGAGTATCAGGTGGTGGTAGAACACTTGTGGATTTGTCTCTTCTGTTAGAGGAACTCATGGATTTTGTCGGCTCGATTCGTATATGTCGCACTCCTCAGGCATTGTTACTCGTGATGATATACATATTTTTTCTCTGTGAAGAAGAATATTAAATACTCCTGTTTTGCAGAACAACTTTTTTTATACAGTTAGGCATCTTTTGGCTACATAT 0 0 5' arm Brachypodium_distachyon mirnest MIR806 0.001 100 -127.2 ...((((....((((((((((((((((((((((((((((((((((.(((((((((((.((..(((((((((((((((((((((((((((((((((.(((.((......)).)))..(((((..((..((...........))..)).)))))....((((.....)))))))))))))))))))))))))))))))))))))..)).))))))))))).))))))))))))))))))))))))))))))))))....)))).. (-127.2)