mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GGAAGTTTGACTCAGGACAAA TGCCCTAAGTCAAACTTTTTA CCTTTGTTCTTAAATATAAGATGTTCTAGTTTTGCCCTAAGTCAAACTTTTTAACGTTTGACCAAATTTAGAGAAAAATGTACTGACACCTACAATATCAAATAAGTATACTATGAAGATATTCATCGTAATTTAGAGTTGTAGATGTTGGGAAAAATTATATAAACTTGGTCAGACTTTAACTTTAGGAAGTTTTTTTTTTCAGGAATAAACTTTAGGAAGTTTGACTCAGGACAAAGCTTGAACATATTATATTTAGGAAAACTT GGGGATGACCAAGTGCTGTTTCTGGGGCGGAGGTGCTCCAGGGCCATGTCCATGTCTCAGTACGGGATGCCAGGTGGTCAGATCTTCTTCTTGGATGATGATGAGAAGAATCGTGTGGAGTACGACTACGCTGAAAAGAACACTTCTATCAGTGTCTATGATATGAGATCCGGCGTGGTCCTTCATCCAAGGATATCCTGGAAGCGTAGCGACGAGATGTGTCTCGCATCGTGGCTCTTCCCTCAGGACTGAAGTAAGGGTGTTACACTGTTGTTGCTATACCTTTGTTCTTAAATATAAGATGTTCTAGTTTTGCCCTAAGTCAAACTTTTTAACGTTTGACCAAATTTAGAGAAAAATGTACTGACACCTACAATATCAAATAAGTATACTATGAAGATATTCATCGTAATTTAGAGTTGTAGATGTTGGGAAAAATTATATAAACTTGGTCAGACTTTAACTTTAGGAAGTTTTTTTTTTCAGGAATAAACTTTAGGAAGTTTGACTCAGGACAAAGCTTGAACATATTATATTTAGGAAAACTTTAACTCAGGAAAGTTTGACTCACGACAAAGCTTGAACATCTTATTTAGGAAAACTTTGACTCGGGACAAAGCTTGAACATCCAGATGAGCTACTCTCAGTTACCTGACCATGCTGTAGATGTTGTCCAGCGGTTATTTTGCAAGCTGCTCTCAATGTATCCTATCTGACCGTGGTATATACGG 3 0 3' arm Brachypodium_distachyon mirnest 100 bdi-MIR5169 0.00000006 -79.9 ......(((((((((((((.((((((.(((((((.(((.(((((((((((((((.((((((((((.((((............((((((.(((((((......(((((.(((.(((((....))))).))))))))..))))))).))))))...........)))).)))))))))).))))......(((((((.((((....)))).)))))))..))))))))))).))).))))))).)))))).)))))))))))))..... (-79.9)