mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GTACTCCCTCTGTCCCATATT TATGAGACGGAAGGAGTATAT GGACTATCTATGTACTCCCTCTGTCCCATATTAAGTGATAAAATATTACATGTATCTAGATGTTTATTTTTTGTATAGATACATTCATATTTGGGCAAATTTGAGTCACTTAATATGAGACGGAAGGAGTATATGTTGTGCA TACAGAGAGGAAGCGAAGACCATCAAACTCTGGAGGAAGAGGGAGAGGTGGTGTGATGATCCTCCCCAAAGGAAGAGGGAGCTCTGGATCAGGATGGACGGGTGCTGGGTTTGAGACATGACGGTCTCCTTGGTATACAGCGTTTGCTTGGTTGGAGCAGGAGGGTCAACAGGGTGGGACTATCTATGTACTCCCTCTGTCCCATATTAAGTGATAAAATATTACATGTATCTAGATGTTTATTTTTTGTATAGATACATTCATATTTGGGCAAATTTGAGTCACTTAATATGAGACGGAAGGAGTATATGTTGTGCAGCAAATAGAACAAGGCAACAACGTATTCAAAGCTGTGACATCTAGTCAAACTGCCCATAGAGTCAAAAGATTATTTTTGTATCATAGGACAACTATGCAATGAATATTTGACTTGCCACTCCAAAGAGTGGCCATC 2 0 5' arm Brachypodium_distachyon mirnest MIR1122 3e-27 bdi-MIR5171 0.000000000002 -42.6 ..((....((((((((((.((((((.(((((((((((((.((((((...(((((((((.((...........)).)))))))))..))))))...((....)).))))))))))))).)))))).))))))))))..))... (-42.6)