mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTGACCACGTTTATAGAAAAT TTTCTATAAATTCGGTCAATA CACTGACTTCTAGGTTTGACCTAAGTCAAACGTTTTAAATTTTGACCACGTTTATAGAAAATGTATTAATATTAATATGTACTTCCTCCGTACTATAATTCTTGTCTAAAATTTGCCCAAATATGGATATATCTATTCCTAAAAAGCGTCTAGGTACATGTAATATTTCGACAAGAATTATGAAACGGAGGGAATATATTAATAAGTATGCTATGAAAATATATATGCCATGCTTGTTTTGATAAAACTAATTTGAAGTTGTAAATGTTAGTAAACTTTTCTATAAATTCGGTCAATATTTGAAGAGTTTGACACAGGACAGACCTAGAACATCTT CCCGAAGTTCAGATCGTTGGCACGATCCTACGTCTTCATTGAGAGGGTTGAGTCACACAAAACTCACAGACACACAAGTCCACCCAATCCTCCTAAATTAAGACCAAAGTCTCGCCTAGTTACTCGTGGTAGATTTTGAGGCGATATCAGAGCCTTTACAAACTGGTTGATGGCAAATCACAAGCTTCGACAGCTCTTCAACACTGACTTCTAGGTTTGACCTAAGTCAAACGTTTTAAATTTTGACCACGTTTATAGAAAATGTATTAATATTAATATGTACTTCCTCCGTACTATAATTCTTGTCTAAAATTTGCCCAAATATGGATATATCTATTCCTAAAAAGCGTCTAGGTACATGTAATATTTCGACAAGAATTATGAAACGGAGGGAATATATTAATAAGTATGCTATGAAAATATATATGCCATGCTTGTTTTGATAAAACTAATTTGAAGTTGTAAATGTTAGTAAACTTTTCTATAAATTCGGTCAATATTTGAAGAGTTTGACACAGGACAGACCTAGAACATCTTATACCTAGAAATGTAGGAAACAAAAGTGAAGTTTGGAGTGTCAGATGCTTGGAGAAGCATCTATTTCCCAGCTTCTCAGTCATAGGCCTTTTTTTCTGCAGCGCTCCACTCAAGCCGTTGCGTGAGCCGGCCCAAATTTTGTTGTATCTCTAGGGCCTATGGTCTCCACCTTTTACACCCCAGAAGTTGTTGGGGTAGATTCTCAGCAGACAT 3 0 5' arm Brachypodium_distachyon mirnest MIR1122 2e-33 bdi-MIR1135 0.000000000000005 -97.1 .......(((((((((((.(((..(((((((.((((((((.((((((..((((((((((((..(((((((.(((((((((..(((((((((..(((((((((((((.(((..((((.......(((((...................))))).......))))..))).)))))))))))))..))))))))))))))))))((((((((.((((........)))).)))))))).((((....((((.......)))).)))).)))))))...))))))))))))..)))))).)))))))).)))))))..))).)))))))))))...... (-97.1)