mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ATACTTCCTCCGTCCCATATT TATGGGACGGAGGGAGTAATA TCACAAAAGAAATACTTCCTCCGTCCCATATTAAGTGACTCAAATTTGTCCAAATATGGATGCATCTATACCCCAAAAGTGTATAGATGCATGTAATATTTCGTCACTTAATATGGGACGGAGGGAGTAATAACTACTCC CCACGCGTCCGAGCTGCAAAGCTACTCCTTGCTGATACGATTTCAAAGGATTACCTTGGCCCTGAGATTGTTTCGCACTATGTATCTCATGGAGCAAGTACGACGGAGATCATCAAGCATCTCATTACTGCGCTAAAGAAAAATGCAGACAACGATATAGCTGCTCTATTCTTTGAGGCTCTGAGACGGGTAGGTACTTTGTTTTTATTCTGAATGCACAAAATATTTCTTCATGAGTCCTACAAATTGGTGATTAATATGGTGTCTTCTGTATTAGCATCCAAAAATATGCATTTGTTCTTCTCTATGATTATTAGCTTATTACCAATCACAAAAGAAATACTTCCTCCGTCCCATATTAAGTGACTCAAATTTGTCCAAATATGGATGCATCTATACCCCAAAAGTGTATAGATGCATGTAATATTTCGTCACTTAATATGGGACGGAGGGAGTAATAACTACTCCCTCTGATCTTAAATTCTTGACTCAAATTTGCCCAAATATGGATGTATCTATTCTTAAAAAACGTCTAGATACATGTAATATTTCGACAACAATTTAGGATCGGAGGGAGTAGTAACTATAGCAGAGAATTAGACCCATCCTACGTTATTGAGGATGCCATTACTGATTGAAAATCAACCTGATTGTAAACCAGGAACAGTTAGGGATGTACTCGTGCCTCTGTTGGTAAAAGCGCCATGCTATCATCATTGTACCTTTTGATGTCTGTTTCATCATTTCCAATTATTTAAAGATTTCAGTGTCTGACAGGAATTTAAGATAAATACTTTTTACAACTGCCCTGGATTTCTATTCTCATTTTTGCATTTGATTTTTAATCATTGTTT 1 0 5' arm Brachypodium_distachyon mirnest MIR1122 4e-29 bdi-MIR5171 0.0000000000005 -57.9 ............(((((((((((((((((((((((((((..((((.(.((((....))))(((((((((((.........))))))))))).)....)))).)))))))))))))))))))))))))))........... (-57.9)