mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CTACTCCCTCCGTCCCATATT TATGAGATGGAGGGAGTATAT AAAGTAAGAAACTACTCCCTCCGTCCCATATTAAGTGTCAAAATATTACATGTATCTAGACGTTTTTTAGGTATAGATACATCCATCTTTGGACAAATTTGAGACACTTAATATGAGATGGAGGGAGTATATGTCTACAG GACTATGTTAATCATGGATTAAAGAGAACATGGACGAGATGATGGAAGAGATAACTCATCCAAGGGAATATTATCGTATATACATATAAAAGTAAGAAACTACTCCCTCCGTCCCATATTAAGTGTCAAAATATTACATGTATCTAGACGTTTTTTAGGTATAGATACATCCATCTTTGGACAAATTTGAGACACTTAATATGAGATGGAGGGAGTATATGTCTACAGCATCAGCTCCAACAATAGTAAAAGGTAGTATGGGTAGGCTGCTATCTTGAGTTTCAAGGACCAACCAGTTCACCGAAATCCTCAAGACCTCAAGCTGTTGAGACAAGTTGACCAAACCACGGATATTCTCAACAGATTCCATAACAGCCACAGATTTATCTATCTAAGCTAACTGAAAAGGCATTCATGCTACAACAATAAGTAGTGCACCATATAGGTATAATAAGAATATGGTTCTTGGATCCATGTGGTGTACCAACAAGAACATAGATTTACTGCCTTCCCTTTTTCTTGTTAATTAGGTAGTCGAATTCTACCAGAGAGAGAGACACGAGGTCTTCAATATCGGGTAGCCATGTTAGCTTCACTTTGTCATCTTCACCGACCCGTCAAGATGGAGTTCACCGACTAATTGAGTAGTTGTGCCATTATCTGTCTTGATCTCTCTATGATAGCATTTCCCCAGTCCATCATAGTG 2 0 5' arm Brachypodium_distachyon mirnest MIR1122 2e-40 bdi-MIR1127 0.0000000000001 -49.1 ...(((.((...(((((((((((((.(((((((((((((.((((......((((((((.((.........)).))))))))((((....))))...))))..))))))))))))).)))))))))))))....))))).. (-49.1)