mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTGAGACAAGTAATTCCGATC TCGGAATTACTTGTTGAAATA AACCTGAAAAGAAAAACAGCTACTCACTCCAGTCGGAATTACTTGTTGAAATATTACGTGTATCTAGACGGTTTTTTACACATAGATACGTCCGTATTTGGGCAAATTTGAGACAAGTAATTCCGATCGGAGGGAGCAGCATATTTTTTTCCTTATG ATCAGACGCATTCAACATAATTGACATTTTTGTCTTTGCAGGAAGAGCTAGCTGTACATGGGTGATTTACTCCTAGCCGTGTTGTACATGCTGATCGGAGGTGGAATTGCGAGCGCCTCGGTTACTTGCCAATCTCACTTGCCTGCTCACCTGTGCATGCTAAGGTGCGTCGACCTAATTCAGAGGTATGAAATCCAAGCTGGCAGCCCATTCTTCGTGGGCGTCAACGTGATGCTCACCCTTCAGGTACCTAAGACAAGATGAGACTGCGCCCCAACCTGAAAAGAAAAACAGCTACTCACTCCAGTCGGAATTACTTGTTGAAATATTACGTGTATCTAGACGGTTTTTTACACATAGATACGTCCGTATTTGGGCAAATTTGAGACAAGTAATTCCGATCGGAGGGAGCAGCATATTTTTTTCCTTATGATCGGTTCCATTATACGAGATAACGGACCGACAGAAGTTCACACACCCACAATAGTTTGCGCACACTTGCCGCCCTCAGGCTAACAAGAACTCATGCCAAGTCTTAGTGCAGAAAAATAAAGAACTGGAAAGGAAATAACGACTTATTACAATCTCGCATGCTCGTTGAGCCACCTTGTCAGTTCACCAAAACACTCCCACCACAGCTTTTCACCCGTCTCCTTAAGAACCAGCCTAGTCGTCAGGGACTTTGTCTTGAATGCATTTCCTGTCCAGCGCCGCCTGCGCAGGGTGGTGCCTCATCGCCTCTTCCTGAAGACCTCGAGCGCCATCACGCAAGATATCCCCATCAGCTCCAGATTGTAAACCTGCAAACAAGTTCAGCTGCCAATCTTG 5 0 3' arm Brachypodium_distachyon mirnest MIR1122 1e-29 bdi-MIR1135 3e-30 -46.7 .....((((((((.....(((.(((.((((.((((((((((((((((....((.((((((((((((....((.....))...))))))))..))))..))...........)))))))))))))))).)))).))).)))...))))))))...... (-46.7)