mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ATATTACCATTAGCTCATCTTT AGATGAGCTCATTGTAATATGA ATAGTAATAAGAAAGATGAGCTCATTGTAATATGAGCTTCATTTATACATTTCATATTACCATTAGCTCATCTTTTTTATTACTACCTTCAACA 2 0 3' arm Pan_troglodytes mirbase mir-556 3e-47 hsa-mir-556 2e-48 -37.44 .(((((((((((((((((((((.((.((((((((((..............)))))))))).)).)))))))))))))))))))))......... (-37.44)