mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GCTCCCTCCGTTCCATAATTT ATTATGGAACGAAGGGAGTAC TCATGCGTGGTAGTGGCACGGTGAGAATACTCGAGGAAATTTTAGATGGCTCAGATGTATGTAACCTATCTGCTCCCTCCGTTCCATAATTTTTGTCTCAAATTCAACCAAAAATGGATGTATCTAATCTTACAAAGTGTCTAGATACATGTAAGATTCCGACAAGAATTATGGAACGAAGGGAGTACTACATATGCAAGTATAAATCAATGCAGTTGATAAGC GGTGGGGGGAAGCTGCGGGAGGCATCTTGGGAGTGGTGGGCGGCATGCTGATGGAGACGGTTCTTTTCATCATCAGATCGTCCAGCAGGGATCTATCCTCATCTCCGGCTCCAAGATCCAAGAAACTCCAGTAGGCATTGTGGTGTGACTTGTGCTTCTCTTTCATGCGTGGTAGTGGCACGGTGAGAATACTCGAGGAAATTTTAGATGGCTCAGATGTATGTAACCTATCTGCTCCCTCCGTTCCATAATTTTTGTCTCAAATTCAACCAAAAATGGATGTATCTAATCTTACAAAGTGTCTAGATACATGTAAGATTCCGACAAGAATTATGGAACGAAGGGAGTACTACATATGCAAGTATAAATCAATGCAGTTGATAAGC 1 0 5' arm Brachypodium_distachyon mirnest MIR1122 1e-30 bdi-MIR1135 0.00005 -61.2 ........(((((..(((((.((((..((((.(((....))).)).)).))))..)))..))...))))).(((((((.((((((((((((((((((....((.((.(((....))).)).))..(((((((((..((((....)))).)))))))))..)))))))))))))))))).))))))).....((((....))))..((((((...)))))).... (-61.2)