mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TACTCCCTCCGTCCAAAAATA TTTTGGGACTGAGGAAGTACT CAGATCTGATCCAAATAGCCGGTACTTAATTACTCCCTCCGTCCAAAAATAAGTGACTTGGATTTGTATAAATTCTTTTACAAACGCTCGCCACTTATTTTGGGACTGAGGAAGTACTTAACATTATTTGGTTCACATTATTTTT CCACGCGTCCGCGGACGCGTGGGCTTCAGCAAGCATCAAAGGCACCCTCACAGCAGCCATACAGGCGAAGCCAGAGCTCGTCCCATCTCTGTTGACATTGGCACTGAACGACGCCATGACATATGACAAGGCCACAAAGTCAGGAGGGCCAAATGGATCGATCAGGCTAAGGTACTAGCTAGCAGTTTCTGTCTCTACATCCTTGTGTTGATGTTGCAATTATGCTCTGCAGATGGCAACCTAACAAGTTTTTGACCTTGTTGTTTGATCAATTCCTGTTAAACAATAAAGTGCAGAAATAAACAGACCTGAAAACAGTGGGCTTTCTGCTGCTTTGGATATGCTAACTGACGCGAAGAAAGAGATTGATTCCTATTCCAAGGGAGGTCCCATTGCATTTGCAGATCTGATCCAAATAGCCGGTACTTAATTACTCCCTCCGTCCAAAAATAAGTGACTTGGATTTGTATAAATTCTTTTACAAACGCTCGCCACTTATTTTGGGACTGAGGAAGTACTTAACATTATTTGGTTCACATTATTTTTGTGGATCATTACTAACTGGATCTTCTGTAATTTTTTCTATTATTGAATGATAGACTGCTTAAATTTGCTTGTACCCG 3 0 5' arm Brachypodium_distachyon mirnest MIR1122 0.000002 far-MIR1122 0.0001 -41.4 ..(((.(((.((((((((...((...(((.((((.((((.((((.((((((((((...(((.((((((.((....)).))))))...))).)))))))))).)))).)))).)))).))))).)))))))).))).)))...... (-41.4)