mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TAGCCAAGGATGATTTGCCTG GGCAAGTCAGCCTGGCTACC GCCATCTTTGATAGCCAAGGATGATTTGCCTGTAAAACCGATTGTCGTCGCCTCTCGGTGCCGTTCCAGGCACTCGAAGGGAGGGCGGCAGCAACAGGTTCTATGGGCAAGTCAGCCTGGCTACCCGAGTACC AAAGCACCACCCACTCACCCAGTGTGGGCACAAGTGGGGTCTTTGCATGGAAGTAGGAGGCCATCTTTGATAGCCAAGGATGATTTGCCTGTAAAACCGATTGTCGTCGCCTCTCGGTGCCGTTCCAGGCACTCGAAGGGAGGGCGGCAGCAACAGGTTCTATGGGCAAGTCAGCCTGGCTACCCGAGTACCTCTTACCCATATTCCATGCCAGACCTATGCTTAGTTATTTCAATGAAGTGAGGTCCAGTCAGAACTTATATACATGCTGTAAACATCTCACTGGTTGGTTACCTTGACAGTAGGGCAAAGGCCTCGTCTGAGGCTACACCATGCTTCACCTGTCGTATCGGTATCAGCTCAGCGGCATGGACATGGCAGATTTGCTGCCACCCTGCCATAATAATTCCACACTTTTGATACTTTGAACATTTGGAGTTCTTTTATGATAATGATCATTGTTTTGGAAATAATGTATATCATCAGGTGGTCTTTTTAGCTTTCCAAGTTCCACCCGCAAGTTCACAGGGGTCATGCGATCCCCCATGTGAAACAAGACAACATCCAGAACACATAAACAATTCTACAAAGTGCAGAAACTGAAATATTAGAGAGAGACATTTAAAAAAACTGCGGCTTTTCACAGAGGATCCAGTCACTATCATCTACTGCAGCTTTTGGCCAAGGATGAACTCACTATCATCTAAACATACAATGTATCATGCC 1 1 5' arm Brachypodium_distachyon mirnest MIR169_5 0.00000000003 bdi-MIR169k 1e-71 -58.8 ...........((((((.((.(((((((((((((.((((..((((.((((((((((((((((......))))))....)))).)))))).))))..)))).))))))))))))).)))))))).......... (-58.8)