mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTCCGTCGGTATATTCCGAGG TCGGAATATTCCGACGGATTG GAATTTCCTCGGAATATTCCGACGGATTGATATTTCCTCGGAATTCCGTCGGTATATTCCGAGGAAATTTCGAG CGAGGTATTGTCCCAAACGCATCGATCGATCACTAAGATGGACCAAAGCGTAACAATGTGATCGATCGATGAGATTATCCCATCGATCGATCGAGGATATCAAGTGTTCCTAGGAATTTCCTCGGAATATTCCGAGGAAATTCCGAGGAACTAGTGTTTGGGGTTTCAAAATCTCGAATGTTTTTTTATAAACGGATCGATCGATGGATTTATGTCCAAAAACGCATCGATCGATCACTAAGATGGACCAAAGCGTAACAATGTGATCGATCGATGGGTATATGTCCAAAAACGCATCGATCGATCACTAGTTCGTCGGAATTTCCTCGGAATTTTGTAAAATCCCTATACTATTTCCTCGGAATTCATCGGTCTTTTCCGAGGAACACATTTTTCCTCGGAATTTCCTCGGAATATTCCGACGGATTGATATTTCCTCGGAATTCCGTCGGTATATTCCGAGGAAATTTCGAGGAAACCCAAATTTTGGGTTTCCTCTGAATTTCCTTTAGAAATTCCTCGGGAAATTCCGAGGATTTCATTTTCCGTCGGAATGTCCGTCAGAATACCGATGTTTTCTTGTAGTGATTACTCGAACAGCCGAGACAACTACTCGACCGGCCGGAAAGGAAGCCACAATACCGTGGTCGCGGTTCAACTATGGCCGTGACCGAGCAGTTATG 2 0 3' arm Brassica_napus mirnest 100 100 -37.7 (((((((((((((((((.((((((((.(((.......)))....)))))))).))))))))))))))))).... (-37.7)