mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTTGACCAACAATTCGACTAA GGTCTAATCGTTGGTCAAAGT GCACGCATTTCAAGATTTTACTTTGACCAACAATTCGACTAATGATTTGAGGTTTATGTGTTACAAAAATTATATCATTGGATTCGTATTTCAAAAACCTTTCCAACGATATAAATTTCTAACATATAATCTACATACAATTGGTCTAATCGTTGGTCAAAGTTCGACCTCGAAAAGGAGT GTAAAAGTCTTTTGAAGCAGATTGAAGATCTTAAATCAAGTAATTTGACACTCTTTCTCATGCATGTGTACATACGATTTCTGCAGTTCTAAGCTGTAACTCCCTCCATTTCACAAAGAATGGCACGCACGCATTTCAAGATTTTACTTTGACCAACAATTCGACTAATGATTTGAGGTTTATGTGTTACAAAAATTATATCATTGGATTCGTATTTCAAAAACCTTTCCAACGATATAAATTTCTAACATATAATCTACATACAATTGGTCTAATCGTTGGTCAAAGTTCGACCTCGAAAAGGAGTGAGTATACTTTAGCAGGTCAGAAGACTACATCGGAAACTGCTAATGATCAGGCTTTAAAGGAAAAGGACTCATACACGTTAGCACGTTATGCTTAAATGGCATAAACATTTCTTCATGCTATTTACACAAATGTACATTACTACGGAAAGGGATATCACTTACGGGCGCAAAAGGCCATCAGTAGCGGGAGCCTCGCCCGCCGCAGCCTGATTGCCACTGATGTAGGTTACATCAGTGGCAAGCGTCTCACCTGACACTGATGTAAGATACCATACGGTCTTCGTCGGCTGACCCTTCTTCACTTCATCCCCATCGTCTTCGCCAGCTCTGGCATCTTTCCTCTTGTATATCGATGCGCCGCATATGGGACATTTGTGATGGTTTTCGTACCTTCTAATGTATACGATGCAGTCGTTTGGACATGAATGATCTTTCATGCATCTAATCCAAACAGGCATGTG 2 0 5' arm Brachypodium_distachyon mirnest 100 100 -51.8 .......((((.((.((..((((((((((((.(((.(((((((....((.((.((((((((((.(((..(((((((.(((((...((.((...)).))...))))).))))))).))).)))))))))).)).))....))))))).))).))))))))))))..)).)).))))...... (-51.8)