mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTAGTCTAATTGGTGGTCAAA TGACCACCAATTAGACCAACA CAAAATTTTGGTTTGACCACCAATTAGACCAACAAAATATGAATTATGTATTATAAAAATTATACCATCCGAAACTTCTTTTAATATGAATCTACTGGTATAATTTGTATACCACATAATTCACATTTTTTTAGTCTAATTGGTGGTCAAAGTTGGATCTC CCACGCGTCCGAATAAGTTTATTTCTAATTCATGTTCTGAGTCAAATATTTTAAAGTTTGACCAACTTTGTGGGAAAAGGCAACAACATTTACGGCACCAATTTAGTATCACTAGATCCGTCTTGAAATATAGTTTCATATTATACTGATTTGATGTTATACACTCCCTCCGTTCCATAATATAAGGCACGCACGCATTTCAAAATTTTGGTTTGACCACCAATTAGACCAACAAAATATGAATTATGTATTATAAAAATTATACCATCCGAAACTTCTTTTAATATGAATCTACTGGTATAATTTGTATACCACATAATTCACATTTTTTTAGTCTAATTGGTGGTCAAAGTTGGATCTCGAAATGCGTGGACACCTTATATCATGGAACGGAGGGAGTATATTGCTATTCTTTTCAATATAATTAGTCAAAGTTCAAATCTTTTGACAGGGACAAGAGTTAGAAGTACTCTTATTTGAGGACGGATTGAGTAGCATCCAAATAGCACAACGATGCTACATCCTCCTGATTTCCATGATTCCT 1 0 3' arm Brachypodium_distachyon mirnest 100 100 -52.9 ...........((((((((((((((((((.((.(((((.((((((((((..((((.(((((((((((...((...(((.........)))))...))))))))))).))))..)))))))))).))))).)).)))))))))))))))))).......... (-52.9)