mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ACTCCCTCCGTTCCATAATAT ATCATGGAACGGAGGGAGTAT TGTTATACACTCCCTCCGTTCCATAATATAAGGCACGCACGCATTTCAAAATTTTGGTTTGACCACCAATTAGACCAACAAAATATGAATTATGTATTATAAAAATTATACCATCCGAAACTTCTTTTAATATGAATCTACTGGTATAATTTGTATACCACATAATTCACATTTTTTTAGTCTAATTGGTGGTCAAAGTTGGATCTCGAAATGCGTGGACACCTTATATCATGGAACGGAGGGAGTATATTGC CCACGCGTCCGAATAAGTTTATTTCTAATTCATGTTCTGAGTCAAATATTTTAAAGTTTGACCAACTTTGTGGGAAAAGGCAACAACATTTACGGCACCAATTTAGTATCACTAGATCCGTCTTGAAATATAGTTTCATATTATACTGATTTGATGTTATACACTCCCTCCGTTCCATAATATAAGGCACGCACGCATTTCAAAATTTTGGTTTGACCACCAATTAGACCAACAAAATATGAATTATGTATTATAAAAATTATACCATCCGAAACTTCTTTTAATATGAATCTACTGGTATAATTTGTATACCACATAATTCACATTTTTTTAGTCTAATTGGTGGTCAAAGTTGGATCTCGAAATGCGTGGACACCTTATATCATGGAACGGAGGGAGTATATTGCTATTCTTTTCAATATAATTAGTCAAAGTTCAAATCTTTTGACAGGGACAAGAGTTAGAAGTACTCTTATTTGAGGACGGATTGAGTAGCATCCAAATAGCACAACGATGCTACATCCTCCTGATTTCCATGATTCCT 1 0 5' arm Brachypodium_distachyon mirnest MIR806 0.00002 osa-MIR818d 0.0002 -104.4 .((.(((.((((((((((((((((.((((((((....((((((((((...((((...((((((((((((((((((.((.(((((.((((((((((..((((.(((((((((((...((...(((.........)))))...))))))))))).))))..)))))))))).))))).)).))))))))))))))))))...))))...))))))))))....)))))))).)))))))))))))))).))).)) (-104.4)