mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TAGCCAAGGATGACTTGCCAG GGCAGGTTGTTCTTGGCTAACA CTGTCAATGGCCATACGTGAAACGAGATAGAGAGTGGAATGTAGCCAAGGATGACTTGCCAGGTATGTGCATGTACGCTTCAGGGAATTATATGCATCCCTGGTCTGAATCCATGCTGATATTTCCCGGCAGGTTGTTCTTGGCTAACATCTTGCTCTCTTTCTCTCACGCGAGGCTGTTGCATGGA GGATACAAGACAAACATTTAGACAACTGAACATCCTATACAGCAAGCACTAGCCAATGGCTAGGCATGCATGCATCACCCCTCTAGCAGTGCACATCCTACTGAAGTCCAGTTTACATGCTTGTTCATTCTCACCCGACAACAGTTACGAGATATGCTGTCAATGGCCATACGTGAAACGAGATAGAGAGTGGAATGTAGCCAAGGATGACTTGCCAGGTATGTGCATGTACGCTTCAGGGAATTATATGCATCCCTGGTCTGAATCCATGCTGATATTTCCCGGCAGGTTGTTCTTGGCTAACATCTTGCTCTCTTTCTCTCACGCGAGGCTGTTGCATGGATTACATGGTTTACCTTTTTTCCAGGTCATGCGTGCATTATAACATTATCACAAGGATATATGGATCCTATTATGGCATTTATATCATGATTATCTTAGTTTAGCTGAGAATGATGTGCTAGTGTCGGTTCATACACAACCATCTACACTACAGGTAATTCAATCTGATTAAACATTTTAGACTGATAGTGCCACAACTGGAGTTGGATGTGCCATTGGTCAAGTCCTCCGAACATGCAAGATGGAGTGAATGGTTAATTACATCATGTTCCTCCTTATGCATATAGGTAGATATGTGGATTAACCAAAAAGATGTTGGCTAAGTAAGTGAGCATATCACTTGTAGAGATGACGAGCCTTGCTGAACACGAGTAGCAATTAAAGGAAGGCATGCATGGATGGAGGAAAATCTTGCTGATTTTTCG 1 1 5' arm Brachypodium_distachyon mirnest MIR169_2 0.00000005 bdi-MIR169b 7e-53 -79.8 ((((((((((((...(((((...((((.(((((((((.((((((((((((((((((((((.((.(((((((((..((..(((((((..........)))))))..))....)))))..))))..)).)))))))))))))))))).)))).))))))))).)))))))))...)))))))).)))). (-79.8)