mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ACTCCCTCCGTCCCATAATTA ATTATGGAACGGAGGAGTAA GTTGGAGCTCTTGTAATTTGAATGTACTCCCTCCGTCCCATAATTACCGTCGAAATATTACATGTATCTAGACGCTTTTCAGGAATAGATACATCCATTTTGGGGCAAATTTGAGACAAGAATTATGGAACGGAGGAGTAACATTTAGTGTATATGCTACTAG CCACGCGTCCGCGGACGCGTGGGGGATGGCTCCATGAAAAACTTGCATCGGCTGGAGTTATGGGGTCTGAAAAGTTTGACATCTGTGCCGGAAGGCTTTGTGTACCTTAGGTCAGTGCAGCAGTTATGCATCGGTTCGATGATGCCTGAAGAGTTCCACAAGAGGTTAGTGGGAGCTGATCAATGGATTGTTCAACACATCCCCTACATTGGAGAGCCGTGATCGAGATGACATCCTCACAAGTAAGCATTGTGCTTCATCAGATAATTATGTTGATTACTGAGCATGAAACCGCATGACTTTGTTGCTAATCCAATAAAAGATGCCTGGTAGGACATGGCATGTGATCCTTTTTCAAAGAGCTTGTTGGTTTAATCTGTTGGAGCTCTTGTAATTTGAATGTACTCCCTCCGTCCCATAATTACCGTCGAAATATTACATGTATCTAGACGCTTTTCAGGAATAGATACATCCATTTTGGGGCAAATTTGAGACAAGAATTATGGAACGGAGGAGTAACATTTAGTGTATATGCTACTAGCTGCCAGGTTAAAACTTTTGTGAGGTTAGTTCGAACTAATGGCAATGGAAATCTCTTGATGTGAAATTAACTGTAAATCATTTTGCCAAATTTAGAATGGCATTCCTTGGTGCCTTTGCACTTTCAACAATAAGGTATCACAAATTCAAAAGCTTGCAGCTATTCCATAGT 2 1 5' arm Brachypodium_distachyon mirnest MIR1122 4e-36 bdi-MIR1135 0.0000000000001 -46.5 ..((((((...((((..(((((((((((((.(((((.((((((((...(((..((..((..(((((((((....((.....))..)))))))))((......))..))..))..)))...)))))))).)))))))))).))))))))..)))).))).))). (-46.5)