mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TACTCCCTCCGTTCCAAAACA TTTTGGAATGGACGGAGTAGT TATCTTAGTAGTACTCCCTCCGTTCCAAAACACAACTCATATAGATTTGTGCACTTGGACCCAGACATGTTTTGTTTCTAGTGCCTGACCACTCATATTGGAGTAATATTAAATGGATGTGAGTAGTTATTGGCCGGGTGCGGATTTTAATAGAAAAATGAGATGTGTTGTGGAACAAATGAAAAAAATCTATATGAGTTGTGTTTTGGAATGGACGGAGTAGTAGCAGTAT GGAGGAAACACGTCACTTAAGTCCATAAACGCTATTCCTCCTATCATGGGATACAACCATTCTGATGTTAATAAGAACATTGGGTCTGCATCAATAATGGGTGGTTATGTCTATCGAGGATCTACTGATCCCTGCTTGTACGGAAGGTACTTATATGCTGACCTGTACGCATCAGCCATGTGGACCGGCACAGAGACCCCAGAGAGCAGTGGGAACTACACGTCCCACGCGTCCGCCTTCAGCTGCTCCAAGAACTCTCCCATACCCTGTGACACTGCTGCTGGTAGCCCTCTCCCATCGCTTGGTTACATATATTCCTTCGGTGAGGACAACAGCAAGGACATCTACGTCTTGGCAAGCAAAGGTGTCTACCGGGTTGTCCGGCCCAGCTTGTGCAGCTATACTTGTCCTATAGAGAAACCCGCGACGAACACGGTGCCTGCTGGTCCTTCGTCAAAGGCGTCAGCAACGAGAATGGGCAAGCAGATAGGGGCAATTTTACTGTCTGTTATCATGTTCTGGGTTTTGGTAAGATAGGAGGATCCTATTACCTCATGCCTTGGTGAGCCAATGTAGATTAATCCTGATATCTTAGTAGTACTCCCTCCGTTCCAAAACACAACTCATATAGATTTGTGCACTTGGACCCAGACATGTTTTGTTTCTAGTGCCTGACCACTCATATTGGAGTAATATTAAATGGATGTGAGTAGTTATTGGCCGGGTGCGGATTTTAATAGAAAAATGAGATGTGTTGTGGAACAAATGAAAAAAATCTATATGAGTTGTGTTTTGGAATGGACGGAGTAGTAGCAGTATAATAATAAACCAGGAGTGCTAACAGTGAAAATAAGTCCTGTGCAGTTAGGAACATGAATCATGACACTGAGGATCAGATCCTGAAACTGTATTCATATATATTCCACGACTACATT 1 0 5' arm Brachypodium_distachyon mirnest 100 bdi-MIR5060 0.00005 -82.4 ........((.((((((.((((((((((((((((((((((((((((((...((.(((..((..((((((((((((((((((((((((.(((((((((((................))))))))).......)).))))))).........))))..)))))))))))))..))..))).))....)))))))))))))))))))))))))))))).)))))).))....... (-82.4)