mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GTACTCCCTCCGTTCCAAAAT TTTGTAACGGAGGGAGTACTT CCCAAATGTGTACTCCCTCCGTTCCAAAATATAGGGGGTATAACTTTTCTTGACGGTCAAACTTTATAAACTTTGACCAACCATAAAACAAAAATCTAGTGTCAAATGTGTATCATTAGATACATTGTGAAATATATCTTCATATTATCTTGGTTTGACGTTGTAGATGTTGATATATTTAATTATATCGTTGGTCAAAGTATAGAAAATTTGACAGTGAACAAAAGTTATACACCATACATTTTGTAACGGAGGGAGTACTTGGTATG CCGAAAGGAAAATTTAGAAGTGTTGCTAAAGAATAATAACTGTCAAGAATTATGGTTATGCATTATGATAGTGCTCGACAGGCTTTCATCCGCAAACAAGAGAATGGATTTCTGATTTCAAATATGATTCATTCAGATTTTGACTGCTGGAACATTTATATATAATCTGAGAAAAAGGCAGTGTGGGAGCTCGAGATATCTTGCAGACCAGTTTTTAGTAGTAATAAATTCACCCCTGGATATTGTGATGTGCAACTGAAGGGAGTTTTTGCCACCCCGTATTGGTTGTGGTTATGGAAAAGCTGGAAAGGGAGGTGACACACTTATTTTTACAAAGTTGGCAACAATCAGCACGCCATGTTAACACATGGTTTTTAAGTGGGCTTAGCTTGGACATGCGCTTTAGTGACCCAAATGTGTACTCCCTCCGTTCCAAAATATAGGGGGTATAACTTTTCTTGACGGTCAAACTTTATAAACTTTGACCAACCATAAAACAAAAATCTAGTGTCAAATGTGTATCATTAGATACATTGTGAAATATATCTTCATATTATCTTGGTTTGACGTTGTAGATGTTGATATATTTAATTATATCGTTGGTCAAAGTATAGAAAATTTGACAGTGAACAAAAGTTATACACCATACATTTTGTAACGGAGGGAGTACTTGGTATGTACCATGAACCAAACAAACTGCCTGCACTGCACAAGTTAATTTGCTTGCTCTGTATTCACACATAACAAGCTAAGAGCGGAAATTTCCCATTTTCAAAACATTCAATCCCTGTAGGAGTAGAAGTACATTTGTATGTACCTTGACCCTTATCTGTTGATGCAGTCTGAAGTTGAAGTGGAAGGCCAGATACTGAGGAAGGGTAGGTCTGTCGTGGTTACTACAGTTGAATTTAGGCTCAAGGACACCAAGAAGCTCTGCTACACATCTCGAGCCACCTTCTACATCATGCCGGTGGCGAGCCTATGAATGAGTACACGAACAGTGTATTTACACGAACAGAGCTGTACATGAGCATATGTACTTCACTGAAAAATAAAGCAAACACCAAATTGCAATTTATCACTGTC 1 0 5' arm Brachypodium_distachyon mirnest MIR1122 0.00002 tae-MIR1137 0.00006 -90.8 .((((....((((((((((((((.((((((.((..(((((((((((((.((.((.((((((.(((.((.((((((((((((.(((..((((..((((((((.((....))...))))))))...)))).(((((((((..(((..((...((......)).))...)))..))))))))).....))).)))))))))))).)).))).)))))).)).)).))))))))))).)).)).)))))).)))))))))))))))))).... (-90.8)