mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGGAGTCCAGGAATCTGCATTTT AATGCAGACTCTTGGATTCCACC TTCTCAATTTTTAGTAGGAATTAAAAACAAAACTGGTAAATGCAGACTCTTGGATTCCACCCCCAGAGAATCCCTAAACCGGGGGTGGAGTCCAGGAATCTGCATTTTAGAAAGTACCCAGGGTGATTCTGATACATTGGGAAC 2 0 3' arm Pan_troglodytes mirbase 100 ppy-mir-1289-1 3e-73 -59.69 ((((((((...((...(((((((........(((...(((((((((.(((((((((((((((((..((.....)).....))))))))))))))))).))))))))).....)))........)))))))..)).)))))))). (-59.69)