mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGCAGTTGTTGTCTCAAGCTT ACTTGAGGCAGCAACTGCATA ATTGATGCAAGGGGTGGTGACAAACTTGAGGCAGCAACTGCATATCTTGCAAGAAAATTGGGTTTCAGAGCATACCGATGATTTTCTTGCAAGTTGTGCAGTTGTTGTCTCAAGCTTGCTGCCTCCCTTTGCCAAAA ATCAGACATCCAGCGCAATCGAAGATTTGAATTCCAGCTATGGTTCTGCGACCATCTCTTGCAACCTCCTCGCTGTCACGAGGCATGGTGATGGTGTGATCGACATGTGTCCCGCCGATTTGCTTCCATGACCATCTGCTGCGTCGCCTCGCATGGCTCCACGCGTCGACCACCCGTGCTCCCACAGACCCCCGTCGATCTCGTGTTGGTTTCGCCTTCCCGATTTCCTTCCTCCCTAAAGCCCCGATCCCCCCAAGTTATCGCAAGCCGCAGTGGCTGGCTTCGGAGTCCACATCTCTCCACCGGCGGCCGCGCGCCGTGGCCTCAGATTGATGCAAGGGGTGGTGACAAACTTGAGGCAGCAACTGCATATCTTGCAAGAAAATTGGGTTTCAGAGCATACCGATGATTTTCTTGCAAGTTGTGCAGTTGTTGTCTCAAGCTTGCTGCCTCCCTTTGCCAAAACTGTCAGTGCAACAGCAGAATTATGCAATCTGAAGGCAAAAAGTAATGAAAATGTACCACTAGCAAACATGATTAGTTATTGGCATAGAGAATATTCCGATGCATGACATTTGCACAGTAGCTGCACAACTAAGCGAGAAATAACATTTCTGGAAAACGCAGGCAAGCATGTCCATTTTGAAATATGGATATCCTGTCTTGTTAAAGTCTTTAATTACCAATATGTACTTATTTAAAGTGCTCAGCTAGTAAACCAACTGGTGCATACGAAGGTCTGTAAGGTTGGTATAACTGACAACAGGGCTGCTTGCTGGTATGACAGTTTGATAATGTTATGGCTTGATTCTGCTTTCTTCTTACGCAGGCTCAGAGGCTGGCATGTTAGCGAAACTGAAGCCTTGTATTTGAGGGATTCTGCTTGATCTCGTTCGAAGGGAGTCTCTGGATAGTCCCGAGGAATGTTCTCCTGGTGGCCCTGTAATGTCTGGAGCTGTCTTGAGCTTGCGCAAGAATTTCAACTGGACATGTTCATCTGTAGGCTAACACGCTACAGGCTTCTGTGGAACAGCGATTTAGATTTTTCTCTCGTTCTGCAAGTATAATGGTGGCGCTTAACTGTACTTTTGGATTGAGTGTAAACGAAACAACATTTTACTAAGTATAAGATGCAACCCG 1 0 3' arm Brachypodium_distachyon mirnest MIR444 8e-46 osa-MIR444b 4e-41 -67.9 ......((((((((.((((.(((.((((((((((((((((((((.((((((((((((((((((..........)))..))))))))))))))).)))))))))))))))))))).))).)))).))))))))..... (-67.9)