mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCTTTGGTTATCTAGCTGTATGA ATAAAGCTAGATAACCGAAAGTA GGAAGTGAGTTGTTATCTTTGGTTATCTAGCTGTATGAGTGTATTGGTCTTCATAAAGCTAGATAACCGAAAGTAAAAACTCCTTCA 3 0 5' arm Pongo_pygmaeus mirbase mir-9 2e-17 mdo-mir-9-2 3e-44 -40.1 .((((.(((((.(((..(((((((((((((((.((((((..(....)..)))))).)))))))))))))))..))).))))))))). (-40.10)