mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCCGTCCTAAAATAAGTGACG TCACTTATTGTGAAACGGAGG TATTAGTTGCTTTATACATCCTCCGTCCTAAAATAAGTGACGTGGATTTGTACATTCAAGTCACTTATTGTGAAACGGAGGGAGTAGTATATATAGCAC CATGACGGGAATCGCTGTGATTCGGGGAAAGTTTGTGGGCATTACACGCAGGTGGTGTGGAGGAAGTCGACTGCCATCGGGTGTGCTCGTGTTGTTTGTGATGCCGGGCGTGGGGTTTTCGTTGTTTGTAGCTATAACCCGCCGGGGAACTTCAACGGGGAGAGCCCCTATTAGTTGCTTTATACATCCTCCGTCCTAAAATAAGTGACGTGGATTTGTACATTCAAGTCACTTATTGTGAAACGGAGGGAGTAGTATATATAGCACAATAAAATTGGTTGCGTGTATGTGTATGTATATGCATGCTGCCGGAGGCTGTGATCGATCAGGGTTGTGAACTTATGACAAATTATATGATAAATAAAGGGTAAATAAAAGCCACAGTTGG 4 0 5' arm Brachypodium_distachyon mirnest MIR1122 0.000005 osa-MIR441a 0.000005 -35.1 .......((((.(((((.((((((((..((.((((((((((.(((((......))))).)))))))))).))..))))))))....)))))...)))). (-35.1)