mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CCTCCGTCCCAAAACAAGTGA CCTTATTTCCGGATGGAGGGA ATAGCCTCAAACATTGTCCTTCCTCCGTCCCAAAACAAGTGACTTAGATTTGTATAGATTTTTATACAAATTCACGTCCCTTATTTCCGGATGGAGGGAGTATGTTGCTAAATCACC ATCTAGATTACATCTTTTTATTTTTAATTATCTCCACATCCTGATCACACCATAAATGGAACAAAGATTTTCTCTCAATAAAAGAAAAAAAACAGTCACTGTTACAATTGCATCCGATTGTTTACCTAGATAGCCTCAAACATTGTCCTTCCTCCGTCCCAAAACAAGTGACTTAGATTTGTATAGATTTTTATACAAATTCACGTCCCTTATTTCCGGATGGAGGGAGTATGTTGCTAAATCACCATCATATAAGCTCAGGAAGGTAAGAAAAGAAGACGACATCCACTATTCCACTATATGATGTTACTTTAAGCAAATGCACACAGATGGCAGGGAAAACCCCATGTTATCTAGTTACAGAACAATCTGCAAGTAACCTCACCAAGCAACCATCCAGAAAGGTAGAGAGACCACGGATACTGATCACACAACGGCTACAAAGAATTGTATAAATGGCAGAGGAAGGAATTGGTTTCGCTCTTCAGTTTAGTTATCGCCACAAGCCCGCTAGTGTACACCACTACACCGTTTCTTCTTAATCCAGCTTCTCAAGCTCACCCATTCTCTCAATGATTGCCTTTTTGCTTGTCTCTTGAAGCTCTCCAGCCAGAATAAACTCATCCAATATCAAGTAAACCTTATGGAAGTTGAATACTAAATCAAGTCCACACACATTGCTGAAGAAATGGTCCAATATCTCCACAAACAAGTGGATACATTTCCAAGTATACCAACTCATTATCAGTGATATCCACACATATTAGAAAAAAACAGTCCTGCGTATCTCCTGTAGAATACTTTTATGTGTACGGAACTCGACGAAGTTGGTGAACTTGGGGTCTCGATTGACCAC 4 0 5' arm Brachypodium_distachyon mirnest MIR1122 0.0000000000004 100 -38.5 .((((....(((((....((((((((((((..(((.(((.(((...(((((((((((....)))))))))))...))).))).)))..)))))))))))).)))))))))....... (-38.5)