mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCCAAAGGGATTGCACTGATC TCAATGCGATCCCTTTGGAGT GAGTCGAGAATTCCAAAGGGATTGCACTGATCTTGCATATGCATCGATCCATCCATCCGTTGATTCATGCTTGGATGCAGCTGATGAGATCAATGCGATCCCTTTGGAGTCCTCCACT ATGCCAAACGTACCGAGATGCCTGCTGCTAGCTTAGCTCCTTTTTTTTGCTATCATCTACATTTTGCCAAATATTCGAAACATATGTGCAGCAGTTGATCCATATACAACAAAAAAAATAAGTAATTGGGCCTGAAAGACTACTGACAAAGTGACGGTAAATCGATAATATTCTTGCAAACATCCAAACCCAAATTAAGCTTGCTGATCCTCCCGGCACCTGCTGATCATCCATGTCTACAGACAGATGCAAAAAAAAAGGGGCGTGACCGACCGAGGCAAAGGCGAGTCGAGAATTCCAAAGGGATTGCACTGATCTTGCATATGCATCGATCCATCCATCCGTTGATTCATGCTTGGATGCAGCTGATGAGATCAATGCGATCCCTTTGGAGTCCTCCACTAGCTTCCTGAAGCTTACACTAATTTGCCAGCCAGAGCAGCTACCCACACAGAGCTAGCCATGCATATGCTCAAATATCATCCATGGTTGCTAGCTAGGACGTCGATCGAATTGCAAACGCTTTCTGATCGACGAGAGCTATATGTATCTGAGTAGCTAAGCTATAAGAGGAGGAGGAGATCGAAGAAGGGGTTATAAATTAAACAAACAGCAGCTAGCTAGCATGTCAAATTGGCAATGGCTGCATAGAGAG 1 0 5' arm Brachypodium_distachyon mirnest 100 bdi-MIR393b 1e-62 -50.4 .(((.(((.(((((((((((((((((.(((((((((((..((((.((((.((......)).)))).))))....))))).......)))))).))))))))))))))))).))).))) (-50.4)