mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GGCAAGATGCTGGCATAGCTG TGCTATGCCAACATATTGCCAT GGAGAGGAGGCAAGATGCTGGCATAGCTGTTGAACTGGGAACCTGCTATGCCAACATATTGCCATCTTTCC 3 0 5' arm Pongo_pygmaeus mirbase mir-31 5e-33 mml-mir-31 7e-35 -36 ((((((..(((((.(((.(((((((((.(((........)))..))))))))).))).)))))..)))))) (-36.00)