mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTAGGTGCAGTGGCAGATGCA CATTTGCACCTGCACCTACAT AAGAATGGTGTGATTTTTGCTGCATTTGCACCTGCACCTACATCGAAGGAACGATAGAAGCACTGCACCTATTTCATCAATTATCGTCATGCAGGCTTCTTGATCCTCCTCCTAAGCTGCTTAGGTGCAGTGGCAGATGCAGGTGTATCACAGGAATTTT TCAATCACAAGCACTCCAAGCACACATGCATACTACTTCCCTTGCTCTTCTTGATTTTCGTCGCTCCAGAAATTTGCAGGATCTGGTCTATCATCTATTTCCTCCGTCTAATATTAAGTGTTGAAATATTAAATGTATCTAAACGTTTTTTAGGTATAAATACATTCATATTTGAACAAATTTGAGACACTTGGTATGAGACGGAGGGAGTATATATGATACGGGAAGAATGGTGTGATTTTTGCTGCATTTGCACCTGCACCTACATCGAAGGAACGATAGAAGCACTGCACCTATTTCATCAATTATCGTCATGCAGGCTTCTTGATCCTCCTCCTAAGCTGCTTAGGTGCAGTGGCAGATGCAGGTGTATCACAGGAATTTTCGGAGACAGAAGTTAAGTTACTTCTATTGCTTCCTTTTCTTCGTTTTGTCATGTTTGAATCATAATTAACCGTGCAAATGATACGCTGATGGCTTTGTCTTGTTT 3 0 3' arm Brachypodium_distachyon mirnest 100 osa-MIR530 0.000002 -50.1 ..((((..((((((...((((((((((((..(((((((((......((((..(((((((((.(((((......................)))))))))))..)))....))))........)))))))))..))))))))).))).))))))...)))). (-50.1)