mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGAGATGAAGCACTGTAGCTCA AGGTGCAGTGCTGCATCTCTGG GCGCAGCGCCCTGTCTCCCAGCCTGAGGTGCAGTGCTGCATCTCTGGTCAGTTGGGAGTCTGAGATGAAGCACTGTAGCTCAGGAAGAGAGAAGTTGTTCTGCAGC 3 0 3' arm Pongo_pygmaeus mirbase mir-143 9e-42 lla-mir-143 2e-55 -51.9 ..((((.((....((((.(..((((((.(((((((((.((((((.((((......)).)).)))))).))))))))).))))))..).))))....)).))))... (-51.90)