mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GTACTCCCTTCGTCCCATATT TATTGGACGGAGGGAATACCA ACTAATGACACGTACTCCCTTCGTCCCATATTAAGTGACTTTCTATTACATGTATCTAGACATCTTTTAGACATAGATGCATCCATATTTGGACATATTTGAGTCACTTAATATTGGACGGAGGGAATACCAAACAAATT GGAAAGTAACATCATGACACATAGGCATGCAGGCAAATCGATTATCCGTTCACAACTAATGACACGTACTCCCTTCGTCCCATATTAAGTGACTTTCTATTACATGTATCTAGACATCTTTTAGACATAGATGCATCCATATTTGGACATATTTGAGTCACTTAATATTGGACGGAGGGAATACCAAACAAATTCGTTTCAGTGCACAAAAATTACAGCACAATTCAAAATGAAAACACTACGGGTACCTTCTTTTTTGCAATATGATCACCCCTTACAGAACCGGTCGGGAAGTGAATTATGGCAAACGAGTCAACCCCGTCAGTAATTCTCTTCTTCACCGAAGACCTCTGCCTCTTGGTCCACGGGTACCTGATCCGCTTTAAAGTATTGGGATTGGCACGGCACTTTCCACAGGTCAGCCTATGATACAGGAACACTTCCTCAAGATTCACGGCTGCTTCCATCACACCCCCGACATAGCTCACCATATACTCTTCAGATTCGAAGCCAAATATGGTGAGCGTCGCCAGACTACGATGCGGGAAATCCAGAGCTGATGATTCCCACTCTACCCCCTTATTCTCGCTATATGACACTGCTCTCCTCTTCTCATCCGTCTCCATTTTACAGAGATGATCCCAAACAGTCATCCATAGCTCTTTGAGGGAGGGTGCAGCTTTAAAGACAAACAATGTCCAGTGAGATTATAACCTTCAGGAATGTCATCTAGATTCAGAAACCTTAGTTGGCAAAAAACAGATGACAGACTTTTTGTCAAGCACT 2 0 5' arm Brachypodium_distachyon mirnest MIR1122 8e-40 bdi-MIR1135 0.00000000003 -47.3 ...........(((.(((((((((((.((((((((((((((((((.((.(((((((((....(((...)))..)))))))))...))..)))).......)))))))))))))).))))))))))).))).......... (-47.3)