mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TAGATACATCCATATTTGGAC CAAAATATTACATGTATCTAGA CCATATTGTTTGTCAAAATATTACATGTATCTAGACCCTTTTTAGGCATAGATACATCCATATTTGGACAAATTTGAGA CCCCTCTTCCGAGAGATGGTACGGGTTTCGGTTTGGCCATTGCAAGCTTCCTCGTGGAAAAGAACCATTTGGCATTGAAATGTTAGAGAACCAGATAGTAATCCCCGATGAAAATTTCGTGTGGACTTACTCCTCGCCAGAGTTCCCTGTGTTGCAGGAAAATATGCTTCAATCGTTTAGACTTCCGCGCCCAGTCCTTTGCATTGGTGGTGTAGTGAAGATTGAACTGCTGGGCCCAGTACAGAAGCATGCAGTAGATGATAAGTACTACATATGGTAAGTTGAAAATGATGTTATGCGAAGAAAATGACATGATGATAAAATTTTGGAGTTTGCATGTTACCTCCACTCTTGGGTTGGACTTTGTTTGTACCAAACGACTCTAAACAACGAAATTGTGCATCCAGGGACCTTATTTCTGTTAAATTATTACTCCCTCCATCCCATATTGTTTGTCAAAATATTACATGTATCTAGACCCTTTTTAGGCATAGATACATCCATATTTGGACAAATTTGAGACAATTAATATGGGACGGAGGGAGTATTACGATGCAATTTCCTTGAACCTAGTCTCTGTTGCTTAGAAACTTGGTGGTGCAGTGGTGCTTGTATATGCAGCATCTATAA 3 1 3' arm Brachypodium_distachyon mirnest MIR1122 5e-24 bdi-MIR1135 2e-17 -20.5 .((....(((((((.((((((...(((((((((...(((....)))..)))))))))..)))))).))))))).))... (-20.5)