mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTACTCCCTCCATCCCATATT TATGGGACGGAGGGAGTATTA CTGTTAAATTATTACTCCCTCCATCCCATATTGTTTGTCAAAATATTACATGTATCTAGACCCTTTTTAGGCATAGATACATCCATATTTGGACAAATTTGAGACAATTAATATGGGACGGAGGGAGTATTACGATGCAA CCCCTCTTCCGAGAGATGGTACGGGTTTCGGTTTGGCCATTGCAAGCTTCCTCGTGGAAAAGAACCATTTGGCATTGAAATGTTAGAGAACCAGATAGTAATCCCCGATGAAAATTTCGTGTGGACTTACTCCTCGCCAGAGTTCCCTGTGTTGCAGGAAAATATGCTTCAATCGTTTAGACTTCCGCGCCCAGTCCTTTGCATTGGTGGTGTAGTGAAGATTGAACTGCTGGGCCCAGTACAGAAGCATGCAGTAGATGATAAGTACTACATATGGTAAGTTGAAAATGATGTTATGCGAAGAAAATGACATGATGATAAAATTTTGGAGTTTGCATGTTACCTCCACTCTTGGGTTGGACTTTGTTTGTACCAAACGACTCTAAACAACGAAATTGTGCATCCAGGGACCTTATTTCTGTTAAATTATTACTCCCTCCATCCCATATTGTTTGTCAAAATATTACATGTATCTAGACCCTTTTTAGGCATAGATACATCCATATTTGGACAAATTTGAGACAATTAATATGGGACGGAGGGAGTATTACGATGCAATTTCCTTGAACCTAGTCTCTGTTGCTTAGAAACTTGGTGGTGCAGTGGTGCTTGTATATGCAGCATCTATAA 2 0 5' arm Brachypodium_distachyon mirnest MIR1122 7e-34 bdi-MIR1135 3e-20 -48.4 .(((........((((((((((.((((((((((((((((.((((((...(((((((((...(((....)))..)))))))))..)))))).)))))))...........))))))))).)))))))))).......))). (-48.4)