mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGCCTGGCTCCCTGTATGCCA GCGTACAGAGTAGTCAAGCATA ATACGAAGTCATGCCTGGCTCCCTGTATGCCACAAGTAAATACCGATCTCATTATGAAATCGGACACTAGTGGCGTACAGAGTAGTCAAGCATAACCACTGA ATTTTTTCTCTGGTTCCATTTCTCCCACCCAAATGAAACTACAGAAACATTTTTTTTTCTATTGGAATCAAGACCGAACGACTATATAAGCCATCCATGATTCATATTTGGAAGTCTGGTATACACCACACATATATATGATACGAAGTCATGCCTGGCTCCCTGTATGCCACAAGTAAATACCGATCTCATTATGAAATCGGACACTAGTGGCGTACAGAGTAGTCAAGCATAACCACTGATATTCTTGATATATGAGTACTTTGTTTTTGTAACACAAGATATATATGTGTGGATGGTGGCTAGCTATAAGATATATGTTATATGCATGGATTATGTCTAGAACTGTTATATGGTACTCAATTTCACTATTTTGAGATCCTTTAATTTAGTAAGACCATATCTAACTCTATCTCTATATTCTTTTATAAATAAAGAAACTTTATTATAAAAGTAATATTGTAGTAAAACTATTTCTATGGTAAATGTTATCTATTTTAGAGAAACATAGAGAAAAATATAGAAGTGAATTGCATATATATATATATATATATATATATATATATTCTAAGATGTCATTCATCTTTAACTATGCACGGCGTAATTCATGTATTGCTAAGATGTTACGAGTTTGTAATTTGAAGAAATGCTAATTCATATCGTTTAAAATTATTGTTAGCGTTAGTAAGCAAGTGGTAGTAGCCTATGGCAATTTGGTATGTATCCACATCAGTTTTGGATTTGATTCTTTCTTTTTTGGAACTAAATTATCACTACTTGGTCAGTATGGACTTGGACTTCGGTCCAAGTG 3 1 5' arm Brassica_napus mirnest mir-160 9e-42 aly-MIR160b 6e-18 -36.6 .......((.((((.(((((..(((((((((((.(((.....(((((.(((...))).)))))..))).)))))))))))...))))).)))).))...... (-36.6)